Ağcabədi rayon Heydər Əliyev prospekti 217 ünvanında yerləşən Heydər Əliyev Mərkəzinin təməli 15 iyun 2006-cı il tarixdə qoyulmuşdur. 01 fevral 2007-ci ildə istifadəyə verilmişdir. 17 yanvar 2008-ci ildə Prezident İlham Əliyevin və Mehriban xanım Əliyevanın Ağcabədiyə ilk səfəri zamanı muzeyin rəsmi açılışı olmuşdur. 2007-ci ildən 2012-ci ilin fevral ayına qədər Heydər Əliyev Muzeyi kimi fəaliyyət göstərmişdir. Heydər Əliyev Muzeylərinin fəaliyyətlərinin genişləndirilməsi ilə əlaqədar olaraq 01 fevral 2012-ci il tarixdən Muzey Heydər Əliyev Mərkəzi adlandırılmışdır.

Mərkəzin sahəsi 665, 2m2, həyətyanı sahəsi isə 897,2 m2-dir.(Ümumi sahə 1181) Mərkəz zirzəmi və 2 mərtəbədən ibarətdir. Mərkəzin zirzəmisində və birinci mərtəbəsində mövcud olan otaqların sayı 12–dir. İkinci mərtəbədə isə sahəsi 269 m2 olan 2 ekspozisiya zalı vardır. Ekspozisiya zalında fotoşəkillər 8 lövhədə cəmləşdirilmişdir. Bu lövhələrin hər biri Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətinin müxtəlif dövrlərini - uşaqlıq və gənclik, Azərbaycana rəhbərlik etdiyi dövr, fəaliyyətinin Moskva dövrü, Naxçıvanda işlədiyi illər, prezidentlik fəaliyyətinin birinci və ikinci dövrü, Sovet hakimiyyəti illərində Ağcabədiyə səfərləri və müstəqillik əldə etdikdən sonra Ağcabədi rayonuna gəlişini əks etdirir.

Ağcabədi rayon məktəblərində Heydər Əliyev Mərkəzi tərəfindən “Gənc Heydərçilər qrupu” yaradılmışdır ki, bu da məktəblərdə Heydər Əliyevin siyasi irsinin öyrənilməsinə daha geniş imkanlar yaradır.Hər qrupda 15 nəfər olmaqla ümumilikdə 165 nəfər Gənc Heydərçi mərkəz əməkdaşlarının hazırladığı proqram və məruzələr əsasında dahi liderimizin həyat və və fəaliyyətini, Azərbaycançılıq ideologiyasını dərindən öyrənirlər.Tez-tez bu qruplar aprasında bilik yarışları təşkil olunur,konfranslar,tədbirlər keçirilir,məruzələr oxunur.

2015-ci ilin noyabr ayından etibarən Mərkəzin “http://haydaraliyevcenter.wordpress.com” adlı internet səhifəsi fəaliyyətə başlamışdır ki, burada Mərkəzin gündəlik fəaliyyəti, mərkəz haqqında məlumatlar, mühazirələr və digər məlumatlarla yanaşı mərkəzin bütün eksponatlarının siyahısı yer almışdır. Həmçinin, sosial şəbəkələrdə də (http://fb.com/HeydarAliyevCenter.Agcabedi, http://twitter.com/aliyev_center, http://instagram.com/agcabedi_hem) Mərkəzin fəaliyyəti haqqında məlumatlar mütəmadi olaraq paylaşılır. Bununla yanaşı, Ağcabədi rayon Heydər Əliyev Mərkəzi adlı “https://www.youtube.com/channel/UCvsMLxYB6HVOYwZ2fV_M6bQ/featured?view_as=subscriber” və mərkəzin loqosu da yaradılmışdır.