1924-cü ildə təşkil olunmuş muzeyə 1968-ci ildə dövlət statusu verilmişdir. Muzey 1924-cü ildə tarix-etnoqrafiya muzeyi kimi yaradılmışdır. Sonrakı illərdə tarix-ölkəşünaslıq muzeyi, 1968-ci ildən indiki adını daşıyır. 41 mindən artıq eksponatın mühafizə olunduğu muzeydə Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisində aparılmış arxeoloji qazıntılar zamanı aşkara çıxarılmış maddi mədəniyyət, tətbiqi sənət nümunələri, qədim numizmatika materialları, həmçinin milli geyimlər, bədii tikmə nümunələri və xalça məmulatları, qiymətli metallardan hazırlanmış zinət, məişət əşyaları, rəssamlıq əsərləri və s. nümayiş etdirilir. Həmçinin muzeydə elmi-tədqiqat işləri aparılır, stasionar və səyyar sərgilər təşkil olunur, görüşlər, anım mərasimləri, elmi-nəzəri və tecrübi konfranslar, dəyirmi masa və s. maarifləndirici tədbirlər həyata keçirilir.

Ekspozisiya əsasən 3 qədim, orta əsrlər və müasir dövrü əhatə edir. Muzey 10 şöbədən ibarətdir. Burada müxtəlif çeşidli əmək alətləri, paleolit və neolit dövrünün əşyaları, dən daşları, obsidiandan lövhələr, daş çəkiclər, sümük bizlər, Naxçıvan Muxtar Respublikası ərazisində aşkar olunan mis və gümüş pullar, orta əsrlərin məşhur memarlarından olmuş Əcəmi Əbubəkr oğlu Naxçıvaninin inşa etdiyi möhtəşəm Möminə Xatın, Yusif Küseyir oğlu türbəsinə və başqa memarlıq abidələrinə dair şəkilli materiallar, dekorativ tətbiqi sənətə aid xalçaçılıq, zərgərlik, misgərlik, dulusçuluq və nəqqaşlıq nümunələri, xalq ustalarının gözəl əl işləri sərgilənir.

Naxçıvan MR Dövlət Tarix Muzeyi ilə yanaşı muxtar respublikada 6 regional tarix-diyarşünaslıq muzeyi də fəaliyyət göstərir. Bu muzeylər, ərazisində yerləşdikləri rayonların ən qədim zamanlardan müasir dövrümüzədək tarix və mədəniyyətlərini əks etdirərək milli və tarixi yaddaşın qorunmasında və formalaşmasında mühüm əhəmiyyətə malikdirlər.

http://dmfa.nakhchivan.az/page.php?lang=az&page=000105

http://www.nakhchivan.az/portal-1/muz-ler.htm