Heydər Əliyev muzeyi Naxçıvan Muxtar Respublikası Ali Məclisi Sədrinin 1999-cu il 18 fevral tarixli, 21-01/S nömrəli sərəncamına əsasən Naxçıvan şəhərində yaradılmış, 1999-cu il mayın 10-da fəaliyyətə başlamışdır.Muzeyin fondunda ümummilli lider Heydər Əliyevin həyat və fəaliyyətini özündə əks etdirən 3765 eksponat toplanmışdır.Ekspoziya zalının mərkəzində Heydər Əliyevin ağ mərmərdən yonulmuş büstü qoyulmuşdur. Muzeyin birinci bölməsində klassik üslubda kətan üzərində yağlı boya ilə çəkilmiş “Prezident Heydər Əliyev” portreti, müxtəlif dövrlərdə çəkilmiş foto şəkillər, sənədlər, xəritə və plakatlar yerləşdirilmişdir. İkinci bölmədə ümummilli lider Heydər Əliyev 1991-1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikasının rəhbəri olarkən iş otağında istifadə etdiyi çıraq, xidməti telefon, qələmdan və kürsülük qoyulmuşdur.Üçüncü bölmədə müxtəlif dövlət təltiflərinin surətləri, ümummilli lider Heydər Əliyevin 75 və 80 illik yubileyləri şərəfinə buraxılmış marka və medallar, xatirə əşyaları nümayiş etdirilir.Dördüncü bölmə möhtərəm Heydər Əliyevin şərəfinə toxunmuş xalçalardan ibarətdir.Beşinci bölmədə nümayiş etdirilən ümummilli lider Heydər Əliyevin şəxsi əşyaları muzeyin ən dəyərli eksponatları sırasındadır.Bütün bunlar və muzeydə nümayiş etdirilən digər eksponatlar – Ulu öndər tərəfindən qəbul edilmiş qərar və sərəncamlar, imzalanmış protokol və müqavilələr, ümummilli liderə göndərilmiş məktub və teleqramlar şərəfli yolun müxtəlif anlarını özündə əks etdirməklə Heydər Əlirza oğlu Əliyevin zəngin dövlətçilik və ictimai-siyasi fəaliyyəıti barədə dolğun təsəvvür yaradır.