Şirvanşahlar dövlətinin süqutundan sonra XVII əsrdə Azərbaycan ərazisində yaranan xanlıqlar dövründə, Bakı xanları Şamaxı qapısının sol tərəfindəki ərazidə yerləşən sarayda yaşamışlar. Bakı xanlığına 39 Abşeron kəndi də daxil idi. 1747-ci ilə kimi Bakı xanlığı İran şahlığından asılı olmuşdur. Bakı xanları şəhəri 1747-ci ildən 1806-cı ilə qədər sərbəst idarə etmişlər. 1806-cı il rusların Bakını işğalından sonra xan sarayında rus hərbi qarnizonu yerləşdirilmişdir. Sovet dövründə isə bu ərazidə hərbi polis idarəsi yerləşirdi. Vaxtilə bu ərazidə hovuzlu gül-çiçəkli bağça var imiş. Bu əzəmətli saraydan hal-hazırda sadəcə giriş portalı və bərpa olunmuş kiçik məscid salamat qalmışdır. Xan sarayının ərazisində qala divarlarının dibində yeraltı hamam hələ də torpaq altında durur. Son orta əsrlərdə Bakı şəhərinin qala divarlarından kənarda da xan bağı və xan sarayı mövcud imiş. 1985-86-cı illərdə Bakı xan sarayının ərazisinin bir hissəsində arxeoloji qazıntılar aparılmışdır. Buradan külli miqdarda maddi-mədəniyyət nümunələri ilə yanaşı su kəhriz sistemi və yeraltı memarlıq tikililəri də aşkar olunmuşdur. Bakı xanlarının sarayında aşağıdakı xanlar yaşamışlar: 1747-1765 – I Mirzə Məhəmməd xan (Dərgahqulu xanın oğlu); 1765-1784 – Məlik Məhəmməd xan (I Mirzə Məhəmməd xanın oğlu); 1784-1791 – II Mirzə Məhəmməd xan (Məlik Məhəmməd xanın oğlu); 1791-1792 – Məhəmməd Qulu xan (I Mirzə Məhəmməd xanın oğlu); 1792-1806 – Hüseyn Qulu xan (Hacı Əliqulu Ağa xanın oğlu).